Mario Moraes y a cru jusqu’à la fin de la séance qualificative. Avec son temps de 201,504 mph, il avait réussi à devancer tout le gratin du plateau Indycar. Jusqu’à ce que Scott Dixon, le dernier pilote à s’élancer, parvienne à signer un hallucinant 202,031 mph.
Le Néo-Zélandais du Team Ganassi marque donc le point attribué à l’auteur de la pole position et prend d’ores et déjà un net avantage psychologique pour la course.
Mario Moraes partagera la première ligne avec Dixon. Le Brésilien réussit là sa prestation la plus convaincante de l’année et montre une nouvelle fois une pointe de vitesse intéressante. Il lui restera néanmoins à confirmer en course ses bonnes dispositions.
Les deux autres prétendants à la couronne se partageront la deuxième ligne, avec Dario Franchitti devant Ryan Briscoe. Graham Rahal confirme les progrès de l’équipe NHLR sur les ovales et Danica Patrick, vainqueur à Motegi l’année dernière, signe le sixième temps.
Deux accidents sont venus contrarier la session : Helio Castroneves et Hideki Mutoh ont tout deux touché le mur et partiront en dernière ligne.
Motegi, grille de départ
 1.  Scott Dixon        Ganassi              202.031 
 2.  Mario Moraes       KV                   201.504
 3.  Dario Franchitti   Ganassi              201.395
 4.  Ryan Briscoe       Penske               200.849
 5.  Graham Rahal       Newman/Haas/Lanigan  200.649
 6.  Danica Patrick     Andretti Green       200.519
 7.  Oriol Servia       Newman/Haas/Lanigan  199.703
 8.  Dan Wheldon        Panther              199.693
 9.  Justin Wilson      Coyne                199.489
10.  Tomas Scheckter    Dreyer & Reinbold    199.354
11.  Ed Carpenter       Vision               199.164
12.  Raphael Matos      Luczo Dragon         198.907
13.  Mike Conway        Dreyer & Reinbold    198.858
14.  Tony Kanaan        Andretti Green       198.650
15.  Marco Andretti     Andretti Green       198.557
16.  Ryan Hunter-Reay   Foyt                 198.226
17.  Kosuke Matsuura    Conquest             197.921
18.  Roger Yasukawa     Dreyer & Reinbold    197.498
19.  EJ Viso            HVM                  197.443
20.  Robert Doornbos    HVM                  196.756
21.  Stanton Barrett    3G                   190.878
22.  Helio Castroneves  Penske
23.  Hideki Mutoh       Andretti Green

